(1)一種微生物具有提供植物營養(yǎng)功能(如固氮基因等)，不能具有分解污染的能力(即分解物質(zhì)的基因)。要實行基因轉(zhuǎn)移十分困難，還要巨大的投資;

  (2)土壤污染物種類很多，現(xiàn)已有105種以上的物質(zhì)對環(huán)境造成了污染。這些污染物結(jié)構(gòu)和化學(xué)成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑?；蜣D(zhuǎn)移更難以達(dá)到;

  (3)生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和菌種差異十分巨大，原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發(fā)揮作用的時間較長;

  (4)生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當(dāng)其制成菌劑施入土壤后難以成活，而且在使用前通常也只能保持3個月的貨架期。